Im Anatomischen Museum Basel werden vor allem Originalpräparate von menschlichen Körperbereichen, Organen und Geweben präsentiert, die systematisch und topographisch geordnet sind und den Aufbau des Körpers darstellen. Ferner wird die vorgeburtliche Entwicklung des Menschen gezeigt. Sonderausstellungen erläutern in verständlicher Form besondere Gebiete der Anatomie.