Das Museum befindet sich im mittelalterlichen Gründungsbau des ehemaligen Dominikanerinnenklosters Klingental am Kleinbasler Rheinufer. In historischen Räumen werden romanische und gotische Originalskulpturen des Basler Münsters, ein Modell der Stadt Basel im 17. Jahrhundert sowie die Geschichte des Klosters präsentiert. Regelmässige Sonderausstellungen mit Begleitveranstaltungen thematisieren die regionale Kunst- und Kulturgeschichte.